此玉帝传心，圣圣相承，以心印心，明悟了证，皆宗此旨。三教莫违，故云心印。
上药三品，
最上妙药有三品，即三般。
神与气精。
非金石上术，灵芝玉屑，及外药凡药，乃元神、元气、元精。凡药可以愈疾，所及有限。此药保劫度世，化济无穷，一切莫此，故云上药。
恍恍
似有非有。
惚惚，
似无非无。
杳杳
似远非远
冥冥。
似近非近，若不见闻，似有见闻。
存无守有，
秘存虚无，默守妙有。
顷刻而成。
上药一得，立跻圣域。
回风混合，
回旋巽风，混合百神。
百日功灵。
三月基就，功渐玄灵。
默朝上帝，
宇泰贞定，秘礼元皇。
一纪飞升。
十二年丹神飞升。一云历脱十二相属乃升。
知者易悟，
真知者易悟上药之基。
昧者难行。
愚昧者难行存守之义。
履践天光，
宇泰定，天光发，而足蹑天根。
呼吸育清。
真炁往来，滋育玄清。
出玄入牝，
知天谷元神，而出玄入牝。
若亡若存。
不散亡，不强存，若亡若存。
绵绵不绝，
默默绵绵，终始不绝。
固蒂深根。
性根命蒂，妙培深固。
人各有精，
各人皆有至真真精。
精合其神。
真精妙合元神。
神合其气，
元神妙合真气。
气合体真。
元气妙合吾体至真。
不得其真，
不得身之至真。
皆是强名。
自云得药，便是强名。
神能入石，
神入金石无碍。一云穿山透石无不到之谓也。
神能飞形。
炼神还虚，身自飞升。
入水不溺，
有道者水不漂溺。一云诸欲不染为不溺。
入火不焚。
有道者火不能焚。一云怒妄不生为不焚。
神依形生，
形成而神至，故云神依形生。
精依气盈。
气满则精全，故云精依气盈。
不凋不残，
神气精全，系无耗散，而不凋不残。
松栢青青。
永无衰变，如松栢青青。
三品一理，
三品上药，共根一理。
妙不可听。
重玄至妙，非可闻听。
其聚则有，
善存默守，妙聚则有。
其散则零。
妙意涣散，倏忽凋零。
七窍相通，
耳目鼻口真七窍，内为相通，一云，七窍在内。
窍窍光明。
风云发泄，窍窍光明。一云，各有天光宝明。
圣日圣月，
身之真阴真阳，永明不毁，故云圣日圣月。
照耀金庭。
光映丹台紫府，云照耀金庭。
一得永得，
真得实益，永不毁沦。
自然身轻。
身轻回阳换骨还虚，非徒体健也。
太和充溢，
太和真气，充满洋溢。
骨散寒琼。
黄中通理，骨竦神怡，毕落琼琳，金筋玉骨。
得丹则灵，
明药得丹，易凡而灵。
不得则倾。
不得正丹，梁丧身倾。
丹在身中，非白非青。
非肺白，非肝青。
诵之万遍，
默转真经万遍，非口诵也。
妙理自明。
此经妙理，召然明白。
回向忏悔文
回心向道，重诚忏其前愆，悔而自新，不作后过。
龙章凤篆，已殚尽也歌咏之诚；鹤驾鸾舆，重冀望也鉴观之惠。臣谨炷真香，丹诚天香也。重诚奏启道经师宝，元始万神，玉光会中一切圣真。恭望恩光，重垂证鉴。臣向来为某人某事看诵《玉皇本行集经》几部，敬保某人某事云云万所宣经典，罔敢不虔。其柰业力障魔，神志错乱，所立根钝，自然想来，脱略混淆，颠倒重迭，临文徇意，字误句差。乖清浊之正音，泥解会之邪见。事夺其志，心不在经。问对起居，断绝隔越。久诵懈怠，因事忿嗔。严洁或涉於垢尘，肃敬或乘以渎慢。身口服用之不净，衣冠礼貌之不虔。供弗如仪，处非其地，卷舒揉乱，坠落脱伤。不专不恭，大惭大愧。伏愿慈悲怜悯，赦释罪愆，庶使诵持得臻感格。所祈所愿，如志如心。尚虑经中传授或误，刊写多讹。其师其人，悉皆忏悔。仗道威力，愿罪消除，常转法轮，普度群品。为如上众，稽首称念太上无极大道，至真三十六部尊经、真文宝符，太上三尊、十方众圣、玄中大法师。玉经中无鞅数众神仙，不可思议功德。